Prado-museet beskrives ofte som et museum for malere og ikke for malerier. Samlingens fokus var rettet mod anerkendte malere i stedet for blot at erhverve berømte malerier. For eksempel har Prado-samlingen over 140 værker af Goya. Det resulterede i en eksklusiv liste over værker af mestre som Hieronymus Bosch, Titian, El Greco, Peter Paul Rubens, Diego Velázquez og Francisco Goya.
Prado-museet har i øjeblikket 7600 malerier. Nogle af de fascinerende værker, der er udstillet, er The Garden of Earthly Delights af Bosch, Portrait of a Cardinal af Raphael og The Three Graces af Rubens.









