Prado Müzesi genellikle bir Resimler değil Ressamlar Müzesi olarak tanımlanır. Koleksiyonun odak noktası, sadece ünlü resimleri satın almaktan ziyade tanınmış ressamlara yönelikti. Örneğin Prado koleksiyonunda Goya'nın 140'tan fazla eseri bulunmaktadır. Bunun sonucunda Hieronymus Bosch, Titian, El Greco, Peter Paul Rubens, Diego Velázquez ve Francisco Goya gibi ustaların eserlerinden oluşan seçkin bir liste ortaya çıktı.
Prado Müzesi'nde şu anda 7600 resim bulunmaktadır. Sergilenen büyüleyici eserlerden bazıları Bosch'un Dünyevi Zevkler Bahçesi, Raphael'in Kardinal Portresi ve Rubens'in Üç Güzeller'idir.