Muzeum Prado jest często opisywane jako muzeum malarzy, a nie obrazów. Kolekcja skupiała się na znanych malarzach, a nie tylko na nabywaniu słynnych obrazów. Na przykład kolekcja Prado ma ponad 140 dzieł autorstwa Goyi. Zaowocowało to ekskluzywną listą dzieł takich mistrzów jak Hieronim Bosch, Tycjan, El Greco, Peter Paul Rubens, Diego Velázquez i Francisco Goya.
Muzeum Prado posiada obecnie 7600 obrazów. Niektóre z fascynujących dzieł na wystawie to "Ogrody rozkoszy ziemskich" Boscha, "Portret kardynała" Rafaela i "Trzy gracje" Rubensa.